《R TYPE FINAL》裡新加入了會讓玩家大呼過癮的R戰機開發系統「R之系譜」,可在遊戲最開始便選擇系列中任一機體,並隨著遊戲的進行而逐漸強化;另外,玩家也能設計專屬於自己的R戰機,無論是機體的顏色、駕駛座圓蓋的顏色,到副武裝如各式飛彈選擇、衛星選擇等,都能隨著自己的喜好任意安排,創造出與眾不同的銀河霸主,縱橫星海。
由於《R TYPE FINAL》中可讓玩家自行組裝參戰的R戰機,因此遊戲裡也設計了各式各樣的組件以供選擇。總數達150種的組件,擁有許多截然不同的功能,如可在戰鬥中奪取敵方的本體、並加以組裝;而隨著組裝零件的不同,將有一定機會出現「突然異變體」機種,是擁有超強大火力卻難以駕馭的高手用R戰機,挑戰玩家的操控能耐。