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內容提要
神秘的忍者軍團襲擊木葉忍者村！原來他們是「空之國」忍者—空忍，從前被木葉消滅的國家。他們用上現代化兵器展開排山倒海的攻勢，令到木葉瀕臨滅國危機。醫術高明的神農及其徙弟亞丸到達木葉，希望木葉首領—綱手派出忍者小隊，前往亞丸的故鄉拯救鄉民。原來空忍亦襲擊亞丸的故鄉，尋找空忍的舊時總部遺址。

木葉首領—綱手於是命令奈良鹿丸和旗木卡卡西等人反擊空忍，而漩渦鳴人和春野櫻則跟隨神農回到亞丸的故鄉，發現了空忍的總部遺址，可是神農卻被空忍殺死了。另一方面，背叛了木葉的宇智波佐助受命於大蛇丸帶回曾賜予他再生禁術且已完全修練完成此術的男人亦是佐助認識的，也同時向亞丸的故鄉進發。在遺址內，快戰死的鳴人和佐助終於重聚了！佐助面對從前的鳴人和戰友們，到底是敵還是友？空忍襲擊目的到底是什麼？

忍者世界大戰，一觸即發。佐助和鳴人連場激戰，爆發牽絆故事！

某日，一群使用風遁之術的空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，形勢危急。據綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰中落敗的空之團，如今他們懷著復仇之心再次出現。卡卡西（井上和彥配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內順子配音）、小櫻（中村千繪配音）、雛田（水樹奈々配音）受命組成三人醫療小隊，協助名醫神農（石塚運昇配音）前往其徒弟雨琉的家鄉醫治傷者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業已完成，他命佐助（杉山紀彰配音）前去尋找神農。這也促成佐助和昔日夥伴宿命的重逢……